Режим установленный английскими властями был столь жесток что уже в 1297 г. шотландцы подняли восстание, которое возглавили Уильям Уоллес и Эндрю де Морей, а английская армия в битве на Стерлингском мосту была разгромлена. В 1298 г. Эдуард I вновь вторгся в Шотландию и в Фолкеркской битве разбил шотландцев. В результате Уоллес был вынужден сложить с себя обязанности регента.
После смерти Эдуарда I в. 1307 г. контроль англичан над Шотландией ослаб. 14 марта 1314неожиданная атака Томаса Рэндальфа (Thomas Randolph), 1го графа Моришира (Earl of Moray)позволила вернуть Эдинбургский замок. Тридцать солдат вооруженных пиками под предводительством Вильяма Френсиса (William Francis) смогли взобраться по крутому северному склону горы и застать врасплох стражу. Роберт Брюс (Robert the Bruce) немедленно приказал разрушить все укрепления в замке, чтобы после своего ухода англичане не могли вновь воспользоваться замком. Так он поступал со всеми отвоеванными у англичан замками. Вскоре Роберт Брюс закрепил свои победы в Битве при Баннокберне (англ. Bannockburn) и спустя несколько лет сумел вернуть Шотландии независимость.
После смерти Брюса король Англии Эдуард III решил завершить проект отца и предъявил свои права на шотландские земли. В 1333 г. началось очередное вторжение в Шотландию.
В 1335 г. английские войска захватили и укрепили Эдинбургский замок, однако уже в 1341 г.шотландцы под предводительством Уильяма Дугласа (William Douglas) смогли отвоевать его обратно. Уильям переоделся в английского торговца, взял с собой бутылку вина и пива и пришел к губернатору замка. Они сошлись в цене за товары и Уильям пообещал привезти весь груз следующим утром. 17 апреля 1341 г. он вместе с дюжиной шотландцев, переодетых моряками показался у ворот замка. Как только ворота открылись, шотландцы напали на стражу и всех перебили. В это же время по сигналу из засады в замок ворвались их товарищи и перерезали оставшийся гарнизон замка.
Как уже говорилось выше, перечислить все, что происходило в замке и с замком на протяжении всей его истории в одном материале просто невозможно. Однако на 1296-м году следует обязательно остановиться: 8 марта король Англии Эдуард I развязал длительную кровопролитную войну. Эдинбургский замок после объявления Англией войны был взят всего за два месяца. Чтобы перечислить сколько раз «Замок девственниц» переходил из рук в руки до 1357-го года, необходимо написать отдельную статью: шотландцы желали независимости, а английские короли видели Шотландию в составе Объединенного Королевства. В 1357-м году король Давид II и король Англии подписали договор, согласно которому Шотландия наконец-то получила независимость. Невозможно, даже приблизительно подсчитать, сколько солдат лишилось жизней у Эдинбургского замка в войне за независимость. Спустя 10 лет после подписания мирного соглашения в замке началось строительство еще одной башни, которую впоследствии назвали в честь короля Давида II. Увы, в настоящий момент от старой постройки ничего не осталось, современные туристы на ее месте могут увидеть «Батарею Полумесяца».