Ирод очень гордился своим строительством и когда в 15 году до нашей эры к нему приезжает в гости Агриппа, зять и заместитель императора Августа, Владыки Вселенной, Ирод устраивает ему экскурсию по своим дворцам и крепостям — здесь, в Иерихоне, Баниасе и других местах. После смерти Архелая, сына Ирода (4 год до нашей эры — 6 год нашей эры), Иродион принадлежал римским наместникам до 66 года, когда перешел в руки евреев во время великого восстания против римлян.
Повстанцы воздвигли на месте синагогу и бассейны для ритуального омовения, и находились там 4 года, пока крепость не была захвачена римскими войсками. Наряду с Михваром и Масадой, крепость эта пережила падение Иерусалима и была захвачена позже.
Иродион был заброшен до 132-135 годов, когда в нем обосновались участники восстания Бар Кохбы. После подавления восстания место было оставлено, и заселение здесь возобновилось только в византийский период (5-7 века) когда на развалинах крепости поселилась большая община византийских монахов — отшельников, которые построили здесь три церкви из камней иродианских сооружений.
Позже, эти же камни использовались для строительства арабских домов округи. После арабского завоевания в 7 веке место было вновь покинуто до тех пор пока в его окрестностях не поселились бедуины, женившиеся на беженках-арабках из лагерей несколько десятков лет тому назад.
Первые раскопки в верхнем Иродионе были организованы в 1962-67 годах, отцом В. Корбо для школы францисканцев в Иерусалиме. Раскопки в нижнем Иродионе проводились Эхудом Нецером в 1972 году по заказу Еврейского университета, и они продолжались до 1988 года. В это время также была обнаружена система тайных убежищ времен Бар Кохбы, расположенная под верхним Иродионом, и включающая водяные ямы, туннели и выходы для внезапных атак, что свидетельствовало о высокой сообразительности его строителей. По определению Нецера, вход во дворец находился с северной стороны, там где археологи поставили мостик, и был единственным.