За тремя ярусами мощных стен находится небольшой холм, на котором остались руины от нескольких сооружений, которые можно отнести к периодуинков. Остатки этих сооружений были обнаружены в ходе археологических раскопок в начале 30-х годов ХХ века, когда были найдены основания башен, описанных Гарсиласо де Ла Вега. От главной башни осталось три концентрических кольца, которые, как полагают историки, были основанием ее трех ярусов или уровней. Стены башни были украшены изображениями растений и животных, выполненных в натуральную величину из золота и серебра. Первоначальная высота башни и её предназначение неизвестны. По одной из версий, это была водонапорная башня, по другой — «солнечные часы». Раскопки на вершине холма продолжаются до сих пор.
Больше всего, в Саксайуаман поражает кладка зигзагообразных стен, особенно в нижнем ярусе, который сложен из самых больших блоков. Видимо создателям этих стен перемещение монолитов в сотни тонн весом и обработка твердого андезита не составляли абсолютно никаких проблем. Сложно представить, при помощи каких технологий, и каким инструментом блоки из твердого андезита обрабатывались так, что достигалось идеальное сопряжение стыков. Некоторые поверхности блоков даже отшлифованы.

Технологии обработки камня в Саксайуаман похожи на следы, оставшиеся на стенах гранитных каменоломен в египетском Асуане. Видимо, древняя высокоразвитая в технологическом отношении цивилизация, возводившая египетские монументы древности, обладала теми же технологиями, что и строители зигзагообразных стен Саксайуамана. Возможно, это была одна и та же цивилизация, и вЕгипте, и в Южной Америке?
Эрих фон Дэникен в книге «Послания и знаки из Космоса» пишет: «Наша фантазия, измученная техническими достижениями современности, окончательно впадает в ступор, когда мы оказываемся перед глыбой примерно в 20 тыс. тонн. На обратном пути, на расстоянии нескольких сотен метров от укреплений Саксайуамана, в кратере на склоне горы находится чудище: цельная каменная глыба размером с пятиэтажный дом. Она безукоризненно обработана в лучших традициях ремесленников — на ней есть ступени и платформы, она украшена спиралями и отверстиями. Можно ли опровергнуть утверждение, что обработка этой невиданной каменной глыбы не могла быть занятием инков на досуге, а должна была служить некоей — сегодня еще необъяснимой — цели? Чтобы решение загадки не было для нас слишком легким, огромная глыба еще и стоит на голове, т. е. ступени ведут с потолка сверху вниз; отверстия указывают в разные направления, словно места попадания снарядов; странные углубления, формой напоминающие кресла, парят в пространстве. Кто может представить себе, что эта глыба была высечена, перевезена и обработана руками человека и силой человека? Какая сила опрокинула ее? Какие титанические силы действовали здесь? И для чего?»

«…невозможно понять, как индейцы, не знакомые с устройствами, двигателями, и орудиями, могли вырубить, украсить, поднять и уложить большие камни, скорее холмы глыб, чем здание из камней, и установить их так точно в их местах. По этой причине, и потому что индейцы были хорошо знакомы с демонами, работы приписываются магии…»
Гарсиласо де Ла Вега

В кладке нижнего яруса стен Саксайуамана, в местах, соответствующих «остриям зубцов», поставлены самые большие камни. Строители зачем-то усилили огромными монолитами «зубцы» именно в центральной части стены. Зачем? Одна из версий альтернативных историков: такая форма стен удобна для того, чтобы уменьшить воздействие на нее, например, ударной волны, поскольку ударная волна, которая обрушивается на боковые стороны «зубцов» не «в лоб», а под углом, значительно снижает ее воздействие на каменную кладку.
Что именно защищали стены Саксайуамана – какой-то наблюдательный пункт на вершине холма или сам город, не столь важно. Важно, что они принимали на себя основную ударную волну, возникавшую при взрыве, и существенно снижали ее воздействие.
Остается загадкой — что могло порождать ударную волну, и откуда она приходила? Исследователи предложили версию, что это могла быть ударная волна, возникавшая при старте ракет или каких-то других летательных аппаратов, поднимавшихся в воздух с открытого пространства напротив стен Саксайуамана, на котором современные индейцы до сих пор проводят свои «культовые» мероприятия.
